Les activités du programme SG 2000 Malawi débutèrent en 1998. Le programme travaillait en partenariat avec les services régionaux de développement agricole (ADD) sous l'autorité du Ministère de l'agriculture et de l'irrigation. Le projet fut établi à la demande d'Aleke Banda, Ministre de l'agriculture et de l'irrigation, qui était déterminé à transformer les systèmes de production des petites exploitations agricoles de son pays.

Le SG 2000 fut focalisé sur les séances de formation à la gestion agricole pour les responsables agricoles, soulignant l'importance de préparatifs effectués à l'avance, de procédures de plantation optimales, de l'utilisation des engrais, du contrôle des mauvaises herbes et de la protection des cultures. Les MTP – plantées en maïs, aliment de base principal du Malawi, avec l'un des taux de consommation les plus élevés au monde – furent l'outil permettant de former et de réorienter les agriculteurs, ainsi que les agents de vulgarisation agricole de première ligne, les spécialistes des différents domaines et les chercheurs, à travers une participation pratique sur le terrain.

Lorsque le SG 2000 arriva au Malawi, un programme gigantesque de sécurité alimentaire étalé sur trois ans – financé par des donateurs internationaux et par le gouvernement – était en cours de lancement. Ce programme fournissait aux 1,8 million d'agriculteurs du Malawi un "paquet de démarrage" gratuit dont le contenu typique consistait en petites quantités de semences de maïs et d'engrais pour la plantation d'un dixième d'hectare.
Toutefois, le SG 2000 considérait que ce paquet de démarrage utilisé selon les recommandations données pour la densité des plants et l'application des engrais ne pourrait pas donner des rendements adéquats. Comme la plupart des lopins de terre du Malawi étaient très petits, il fallait obtenir de hauts rendements en maïs pour assurer la sécurité alimentaire familiale en aliments de base, tout en consacrant des terres à d'autres cultures et à d'autres activités agricoles.

Le programme SG 2000 Malawi était basé sur d'excellentes recherches récentes et sur des travaux de vulgarisation agricole, en particulier dans les domaines de la production de maïs et de légumineuses à graines, de la restauration et de la conservation de la fertilité du sol. De nombreuses organisations étaient engagées dans ce travail, telles que l'Organisation nationale de recherche du Malawi, le Centre international d'amélioration du maïs et du blé (CIMMYT), l'Institut international de recherche agricole pour les zones tropicales semi-arides (ICRISAT), le Centro Internacional de Agricultura Tropical (CIAT) et la Fondation Rockefeller.

La technologie du labour de conservation (CT) – destinée à réduire l'érosion, conserver l'humidité et réduire les corvées – était aussi une priorité. La formation en labour de conservation fut dispensée dans chacun des cinq ADD participant au programme. 70 parcelles utilisant le labour minimum étaient déjà établies dans le pays. L'agriculture de conservation, qui tente d'apporter une solution aux problèmes de fertilité du sol et de conservation de l'eau, est aussi de plus en plus prisée par les agriculteurs du Malawi. Quelques 150 MTP furent établies; on y obtint des rendements de 3,8 à 8,5 ha en moyenne. La récupération des crédits accordés aux MTP établis en 2002/03 atteint environ 90%, ce qui fut un "résultat excellent vu les difficultés des agriculteurs", commente le directeur national José Valencia.

Comme conséquence de l'utilisation d'engrais à l'échelle nationale, des semences améliorées et des chutes de pluie suffisantes, les récoltes de maïs de 1999 et 2000 furent les plus volumineuses de l'histoire du Malawi. Toutefois, la grande abondance des produits mis sur le marché fit chuter gravement le prix du maïs, et donc les pratiques de production à haut rendement ne profitèrent pas aux agriculteurs. L'amélioration des rendements en maïs donnent une idée des possibilités offertes par la technologie, mais la chute des prix souligne le besoin urgent de diversifier la production et d'ajouter des cultures nouvelles aux systèmes agricoles.

Pendant la saison 2000/2001, le projet établit 3.336 MTP de maïs dans cinq ADD. Des démonstrations de riz de plateau, de soja, de dolique et de pois cajan furent aussi ajoutées au programme.

"Tous les éléments sont là pour réaliser un développement rapide de la production alimentaire nationale et une réduction de la pauvreté rurale", affirme le président de la SAA Norman Borlaug, "ce qu'il faut, c'est intégrer ces pièces technologiques dans un programme coordonné de coopération associant organismes publics, privés et ONG".

Le Malawi possède un secteur privé en plein développement, comprenant des entreprises privées de semences et d'engrais dynamiques, qui peut contribuer beaucoup à soutenir les programmes gouvernementaux de développement des petites exploitations agricoles correctement mobilisées.

Le Malawi est passé de l'état d'exportateur de maïs à celui d'importateur en une seule année. La saison 2000/01 fut décevante en raison des inondations et des maladies. En conséquence, le Malawi connut un déficit d'environ 400.000 tonnes et de graves problèmes de sous-alimentation dans certaines régions du pays. Les rendements en grains trop bas que la plupart des petits exploitants agricoles du Malawi obtiennent, restent une cause d'inquiétude grave.
Valencia donne des raisons précises à cette situation, notamment l'utilisation insuffisante et inadéquate des engrais et des semences améliorées, l'incapacité des agents de vulgarisation agricole de transmettre des messages technologiques efficaces aux agriculteurs, le manque d'infrastructures rurales qui permettraient de commercialiser les intrants et les produits à des prix raisonnables, et les mauvais systèmes d'informations relatives au marché. Et par conséquent "le programme SG 2000 n'a pas encore réussi à faire adopter les mesures nécessaires pour obtenir l'impact qu'il pourrait et devrait avoir".

Pendant la saison 2001/02, le SG 2000 visa à accroître ses activités dans le domaine des technologies de post-moisson. Les agriculteurs participant au SG 2000 subirent jusqu'à 30% de pertes des grains récoltés, dues en grande partie aux ravages du perceur des céréales. Le SG 2000 promut des mesures de protection des cultures contre cet insecte dévastateur. Les conditions instables des marchés avaient déjà détourné les agriculteurs des grandes exploitations de la production de maïs. La saison, avec sa production de maïs largement déficitaire, permit aux agriculteurs utilisant la technologie du labour de conservation de réaliser de hauts profits.

Les agriculteurs considéraient avec enthousiasme l'impact du labour de conservation, en raison des avantages de réduction des corvées et d'amélioration de la fertilité du sol. Quelques 166 parcelles utilisant le labour de conservation furent établies pendant la saison 2002/03.
"Lorsque les semences hybrides et les engrais auront un prix raisonnable et seront disponibles pour les agriculteurs, leurs espoirs et ceux du pays se trouveront réalisés sur des surfaces de terres plus réduites, ce qui permettra de rendre des terres disponibles pour réaliser d'autres cultures".

"L'instabilité des marchés et des prix continuera à perpétuer le manque de maïs au Malawi", affirme Valencia. "De nombreux agriculteurs ont stocké leurs grains dans leurs greniers locaux en espérant obtenir de meilleurs prix, mais ont eu la mauvaise surprise de voir les donateurs distribuer leurs propres réserves de maïs, faisant ainsi encore davantage baisser les prix. En fin de compte, les agriculteurs sont les grands perdants – et beaucoup d'entre eux n'étaient pas préparés à investir dans l'acquisition des intrants nécessaires pour la saison 2003/04".

Au Malawi, le projet arriva à son terme fin 2006, sur décision du conseil d'administration de la SAA.