マラウィにおけるSG2000の現地活動は1998年に開始されました。プログラムは農業・灌漑省の下、地域農業開発部門（ADD）と協力して進められました。本プログラムは、国内零細農家による食糧生産システム変革を目指す農業・灌漑相、アレケ・バンダ氏の要請により設立されました。

SG2000は現地普及員向け作物管理教育に焦点をあて、初期整地および最適植付け計画、肥料使用、雑草対策、作物保護を重要事項としました。マラウィの主食はトウモロコシであり、世界有数のトウモロコシ消費率となっています。栽培研修圃場（MTP）は農民のほか、現地普及スタッフ、各分野の専門家や研究者のための、実際的な実践研修を通した教育および再研修の場となりました。

SG2000スタッフがマラウィに到着した時、国際機関とマラウィ政府が資金提供した、3年間にわたる巨大な食糧セーフティネットプログラムが開始されようとしていました。この計画では、マラウィ農民180万人に対し、「スターター・パック」が無償で提供されました。「スターター・パック」には通常、栽培面積0.1ヘクタール分の少量のトウモロコシ種子と肥料が入っていました。
しかしSG2000は、上記スターター・パックに基づく栽培密度と肥料量では、収量はまだ低すぎると考えました。一般に所有農地が非常に小さいこの国では、主食であるトウモロコシを家庭消費分確保し、さらにそれ以外の作物および農業活動にも土地を使う必要があるため、トウモロコシ収量は非常に高くなければならなかったのです。

マラウィにおけるSG2000プログラムは、最新の優れた研究および普及活動の上に築かれました。特に、トウモロコシおよび豆類の生産、土壌の肥沃度回復・維持に関する成果が目覚ましく、マラウィ国立研究機関、国際トウモロコシ・小麦改良センター（CIMMYT）、国際半乾燥地熱帯作物研究所（ICRISAT）、国際熱帯農業センター（CIAT）、ロックフェラー財団などの組織が貢献しています。

また、侵食を抑制し、水分を保持し、労力を軽減する「不耕起農法（CT）」も重要課題でした。CT研修はプログラムに参加する5つのADD全てで実施されました。マラウィ全土で既に70の最小耕作圃場が作られていました。不耕起農法は土壌の肥沃度向上と水分保持に効果を発揮し、マラウィ農民にどんどん広まっています。約150のMTPにおける平均収量は3.8〜8.5トン/ヘクタールとなりました。2002〜2003年に開設されたMTPへの貸し付け返済率はほぼ90%で、「農民の様々な負担を考えると素晴らしい結果です」とカントリー・ディレクターのホセ・バレンシア氏もコメントしています。

肥料使用が全国に広まり、改良種子や十分な降雨と相まって、1999年および2000年のトウモロコシ収穫高はマラウィ史上最高を記録しました。しかし、豊富な供給によりトウモロコシ価格は深刻な下落を見せ、農民にとって高収量農法が不利益をもたらしてしまいました。農民にとってトウモロコシ収穫量の向上は、技術の可能性をかいま見せるものでしが、価格の下落は、生産の多様化や栽培システムへの新規作物の組み入れといった緊急の課題を浮き彫りにしました。

2000〜2001年には、5つのADDにおける3,366のトウモロコシMTPでプロジェクトが実施されました。陸稲、大豆、ササゲ豆、キマメの実証もプログラムに加えられました。

SAAのノーマン・ボーローグ会長は、「マラウィの食糧生産を迅速に拡大し、地方の貧困を改善するために必要なコマは全て現地に揃っています。必要なのは、これらの技術的なコマを組み合わせ、公共、民間およびNGOが連携して協調的なプログラムにすることです」

マラウィの民間部門は成長しつつあり、民間種子業者や肥料業者も活発に活動しています。これら業者が適切にその役割を果たせば、零細農家に対する政府の農業開発プログラムにとって大きな力となります。

マラウィはたった1年で、トウモロコシの輸出国から輸入国に変わってしまいました。2000〜2001年には水害や病害がひどく、約40万トンの不足となりました。また、国内各地で深刻な栄養失調が発生しました。また、零細農家の多くは今でも穀物収穫高が低く、引き続き大きな懸念事項となっています。

ここでもバレンシア氏は具体的な理由に触れ、肥料や改良種子の使用量が少なく、使用方も正しくないこと、技術的内容を効果的に農民に伝えられていないこと、適切な価格で購入・販売を行える地方インフラがないこと、適切な市場情報システムがないことを挙げています。その結果、「SG2000プログラムは、まだしかるべき成果を上げることができていません」

2001〜2002年には、SG2000は収穫後技術の活動をより積極的に推進する予定です。SG2000参加農民は、主としてオオナガシンクイの食害により、収穫した穀物の最大30%を失っています。SG2000では、この甚大な虫害を軽減するため、作物保護対策を推進します。市場が不安定なことにより、大規模農家はすでにトウモロコシ生産から撤退しています。今期はトウモロコシの供給が大きく不足したため、不耕起農法を導入している農民は、非常に大きな利益を得ることが出来ました。

労力の軽減と土地肥沃度の向上という不耕起農法のメリットにより、農民は熱烈にこの農法を受け入れました。2002〜2003年には166もの不耕起農法圃場が作られました。
「農民がハイブリッド種子と肥料を入手できるようになれば、今よりはるかに少ない土地で農家と国の必要生産量をまかなうことができ、余った土地で他の作物を生産することができます」

バレンシア氏は次のように話しています。「不安定な市場と不安定な価格が続く限り、マラウィのトウモロコシ不足も続きます。多くの農民は、収穫した作物を地域の穀物倉に貯蔵し、価格が上がるのを待ちますが、その間に支援機関が独自の保有トウモロコシを放出してしまい、価格がさらに下落してしまうのです。最後に損をするのは農民となり、2003〜2004年の耕作に必要な種子と肥料の購入費用がなくなってしまうのです」

マラウィでのプロジェクトは、SAA役員会の決定により、2006年末に終了しました。