モザンビークは、SG2000がアフリカで7番目に活動を展開した国です。その活動目的は、零細農家への近代的な農作物生産技術の移転を行ない、生産量と収入を増加させ、農業省による技術移転の取り組みを強化することにありました。

モザンビークにおけるSG2000プロジェクトは1995年に開始されました。内戦と飢饉のために農民は農地を追われ、時とともに農村は荒れ果ててしまったため、農村の回復が政府の緊急課題となっていました。

プロジェクト1年目には、トウモロコシの栽培試験圃場（PTP）が各0.5ヘクタールの大きさで2州40ヶ所に作られ、平均収穫高は4.3トン/ヘクタールとなりました。2年目には4州にトウモロコシPTP310ヶ所、コメPTP21ヶ所が作られました。PTPにおけるトウモロコシの収穫高は、伝統農法による収穫高1.0トン/ヘクタールに対し2.5〜3.0トン/ヘクタール、コメ収穫高は同じく伝統農法0.75トン/ヘクタールに対し2.6トン/ヘクタールと増大しました。
その後、PTPは5つの州へと広がり、1999年にはモザンビークのトウモロコシ収穫高は史上最高を記録し、隣国へ輸出できるほどになりました。

また、「外交問題に取り組む市民ネットワーク（CNFA）」など他のNGOとも協力し、農民に種子・肥料を販売する業者ネットワークの形成も進められました。SG2000はさらに「国際肥料開発センター(IFDC)」と共同で民間肥料事業の育成に取り組みました。販売業者（小規模小売業者）には種子・肥料の保管および取り扱い、事業管理の研修が実施されました。実証プログラムに使用する種子や肥料はこれらの販売業者を通じて提供されました。

また、トウモロコシ栽培農家に対しては不耕起農法と除草剤の使用、稲作農家に対しては無耕農法の指導が行なわれました。

SG2000では、高蛋白トウモロコシ（QPM）品種を現地導入できるかどうか試験を続けてきました。ガーナ産のQPM品種「オバタンパ」は、現地名「ススマ」として国家トウモロコシプログラムにより市販されました。INIAによる全国複数地栽培試験では、最も一般的な改良品種3種の収穫高が4.2〜4.4トン/ヘクタールであったのに対し、ススマの収穫高は4.6トン/ヘクタールを記録しました。

1998から1999年にかけて、現地実証プログラムは大幅に拡大されました。トウモロコシ圃場は1000ヶ所、コメ圃場は400ヶ所に増加し、さらにマメ圃場100ヶ所や、初めて作られた綿の実証圃場50ヶ所ができました。綿は多くの零細農民にとって、大切な換金作物です。
モザンビークのこのシーズンのトウモロコシの収穫は良好で、マラウィをはじめとする隣国に輸出することができました。支援団体もモザンビークの農業における可能性を認識するようになりました。

ウェイン・ヘーグ氏は肥料事業の堅調な成長を指摘しています。IFDC/MAP/USAIDプロジェクト、および日本のKR-IIプログラムは、肥料事業発展に大きく貢献すると期待されました。また、南アフリカの肥料業界も、モザンビークの可能性に対し、関心を高めていました。

SG2000とその提携機関は1999〜2000年のシーズン、トウモロコシや米をはじめとする9種類の作物の栽培に携わりました。「ヒマワリ、ゴマ、キマメが新しくプログラムに加えられましたが、これは、これら作物の普及と流通に成功している複数のNGO団体の要請によるものでした」とヘーグ氏は説明しています。

モザンビークのトウモロコシ生産高は、過去2年間に低地地帯を襲った深刻な洪水被害にもかかわらず、1990年の45万2千トンから2000年には110万トンにまで増大しました。しかし、生産者に適切な報奨制度を設けていないことがモザンビークの農業開発に大きな制約となっています。モザンビーク政府は農業が経済成長の最大の推進力であることに気付き、農業開発予算を1999年の3%から6%に増額しました。

2000〜2001年のシーズンには計2,193の実証圃場が作られ、トウモロコシが1,431圃場と、引き続き最も主要な作物となりました。また、綿の実証圃場が50〜100ヶ所、大豆30ヶ所、ピーナッツ45ヶ所、ジャガイモ10ヶ所が作られました。ヒマワリの実証圃場も約300ヶ所、ソラマメも100ヶ所作られました。それまではSG2000が購入していたPTPで使用する種子・肥料の多くは、PROAGRI（公共部門の農業投資プログラム）を通じてMADRが購入するようになりました。

不安定な市場は、本プログラムが推進する各技術の導入拡大にとって引き続き大きな障壁となっていました。「農業強化における大きな課題は、種子・肥料販売システムの全体的な強化、および適切な作物販売価格の確保です」

モザンビークは多くのアフリカ南部諸国同様、2002年に降雨不足に悩まされました。しかし、最終的にはその被害を受けたのは国民の5%未満にとどまり、「北部および中部地域の多くでは、それでも生産増が見込めるでしょう」とヘーグ氏は話しています。「この余剰生産分の多くは、国境を越え、大規模な食糧不足に苦しむマラウィやジンバブエに流れると予測されます」
「今後も大きな課題がいくつも残されています。除草剤や噴霧器などがより入手しやすくなる必要がありますし、手植え機や稲用の家畜牽引ドリルの導入も必要です。また、除草剤の使用方法も改善される必要があります」

モザンビークでのフェーズ1は2002年に終了しました。SG2000プロジェクト・コーディネーター、カルロス・ザンダメラ氏は「最初の6年間は、集中的で取り組みがいのある学習プロセスとなりました」と話しています。フェーズ1の完了は、2002年3月にモザンビークを視察した外部評価チームにより確認されました。評価チームは政府高官を含む複数のステークホルダーと徹底した議論を行い、モザンビーク政府はプログラム目標の達成に向けた取り組みを続けること、国民への効果的移転の条件が整ったことに同意しました。

モザンビークにおけるSG2000活動フェーズ2では、(1)実証圃場の収穫高をさらに高めること、(2)民間金融機関および種子・肥料販売業者への協力を続け、推奨技術を導入した農民への融資を拡大すること、(3)トウモロコシおよびコメの基本実証パッケージに不耕起農法を組み込み、普及員および農民に広く不耕起農法を普及すること、(4)国立農業研究所（INIA）と協力し、異なる施肥方法および肥料の種類に対する主要作物（トウモロコシおよびコメ）の反応を調べること、を目的としていました。

プロジェクトでは実証圃場（トウモロコシ、ササゲ豆、ピーナッツ、コメ、インゲン豆、ヒマワリ、キビ、綿、タバコ、大豆、パプリカ、ジャガイモ、ゴマ、ニンニク、タマネギ）を引き続き奨励し、政府活動への支援を引き続き行ないました。

モザンビークでのプロジェクトは2005年末に終了しました。