マリでは、SG2000は1996年より地方開発省と共同で活動を進めています。

サヘル地域で慢性的な問題となっている不規則な降雨のため、農民および普及員に改良技術の基礎を教える中心手段となる栽培試験圃場（PTP）でも、生産高が不安定となりがちです。

また、マリでは土壌の悪化により土地放棄が行なわれてきましたが、人口増により、放棄された農地の回復が緊急課題となりました。世界銀行の支援を受け、岩堤防で侵食を食い止める取り組みが行なわれています。マルセル・ガリバ博士は、「おそらく、生産コストを大幅に上げることなく生産高を向上する方法を見つけることができると思います。特に、この数十年続いてきた土壌養分の減少を逆転させる方法を見つけ出し、土壌回復のプロセスを開始しなければなりません」と話しています。毎年、数百ヶ所にPTPが作られ、細かく砕いた燐鉱石を土壌に添加することや、耕作に様々な豆類（ピーナッツ、ササゲ豆、ハイビスカス、ゴマなど）を加える利点の実証が行なわれました。

「マリには優れた国家研究機関があり、私たちは普及・生産機関と研究機関の連携をさらに強化し、高蛋白トウモロコシ（QPM）やその他改良品種の農場試験栽培を支援していきたいと考えています」とガリバ博士は述べています。

SG2000ではまた、灌漑地域におけるトウモロコシの農閑期栽培に取り組んでいます。その目的は、稲の連作を止めることでした。1997年にはガーナで「オバタンパ（豊かな母）」と呼ばれている高蛋白トウモロコシ（QPM）の1種、デンバニュマ種がマリに導入されました。2001年には、綿栽培地帯の914ヘクタールにデンバニュマが栽培され、150ヶ村、1,272人の農民がデンバニュマ栽培に従事するようになりました。

農民に対する投入融資の回収率にばらつきがあったため、SG2000とそのパートナー機関は、融資を適度な回収率の見られた農村に限定することにしました。

マリでは農民組合が一般的であり、ベナンやトーゴにおける農村単位の貯蓄・融資組合（CREP）に倣い、1997年に12の融資組合が設立されました。その重点は当初、貯蓄動員におかれ、その後、地域管理と自助活動の枠組みの中で、融資の拡大が行なわれました。最初の5つのCREP会員農民は655人におよび、うち270人は女性となっています。当初預金額は4,000 USドル超でした。1年後にはCREP会員は2,000人近くまで拡大し、うち4分の1が女性で、預金総額は15,000ドル以上に増えました。

1998年には、実証圃場の数は約6,000となりました。このうち2,000ヶ所でトウモロコシが、残り4,000ヶ所ではソルガム、キビ、ササゲ豆、ピーナッツが栽培されました。また、70名の農民が初めてQPMであるオバタンパ種と、通常蛋白トウモロコシであるソトゥバカ種の試験栽培を行ないました。灌漑を行い、オバタンパの種子2,000 kg以上を生産することができました。また、CREPは13に増え、それぞれ150〜500名が会員になりました。

1999年は降雨が十分にあり、国中で農業生産が促進されました。約4,900人の農民が5,000のPTPで栽培を行ないました。そのうちの半分でトウモロコシが栽培され、残りはキビ、稲、ソルガムが栽培されました。

プログラム開始後わずか4年で、4,600人以上の農民が毎年自己資金で作物の実証を行ない、民間地元業者のネットワークから現金で必要な種苗を購入できるようになりました。

SG2000はまた、ICRISAT、FAOおよびマリ国立研究機関と共同で、3ヶ村において穀物貯蔵融資制度「ワランタージュ」を実施しました。各村には穀物の貯蔵を行なう穀物銀行が置かれ、貯蔵穀物の一部が資材購入融資の担保に充てられました。

マルセル・ガリバ博士は2003年、「しかし今後も種苗購入が大きな課題であり、より積極的な取り組みが必要となるでしょう」と述べています。

2003年3月の「国際婦人デー」には、バマコ国会で6自治体がQPMを使った料理30種類のコンペを行い、QPMが全国的に認知されるきっかけとなりました。この催しにはマリのファーストレディー、アマドゥ・トゥマニ・トゥレ大統領夫人が来賓として出席し、マリ女性千人以上が参加しました。

SG2000はまた、マリ国内の「NERICA」普及に尽力しました。2002年には、マリ南部にある綿栽培地帯において、87ヶ村の男性315人、女性185人が500のPTPで栽培を行ないました。

2004年にはマリにおけるプログラム継続が決定され、プロジェクト目標を達成することにより、マリがサハラ以南地域におけるモデル国となれるようにしました。