ナイジェリアにおけるSG2000プロジェクトは、農業・天然資源省、および北部2州（カノおよびカドナ）の農業開発プログラム（ADP）と共同で1992年に始められました。1992年から1999年にわたってSAA役員を務めたオルセグン・オバサンジョ前大統領は、ナイジェリアにおけるプロジェクト実施をSG2000に要請しました。

その最大の目標は、小麦およびトウモロコシの改良栽培技術を北部ナイジェリアに速やかに導入することでした。主な実証ツールとなる栽培研修圃場（MTP）では、各農家が0.25〜0.5ヘクタールの農場でSG2000が推奨する技術パッケージ全体を体験することができます。トウモロコシMTPにおける推奨技術を用いれば、施肥のタイミングおよび方法を改良することにより、ナイジェリアが補助金を出していた当時の通常肥料使用量より少ない肥料で済み、コストを軽減することができます。

当初は普及員も農民も懐疑的であり、SG2000が推奨する方法を非常に面倒に感じていました。しかし結果は明らかであり、参加した農民は小麦MTPでは平均2.5トン/ヘクタール、トウモロコシMTPでは平均3.8トン/ヘクタールの収穫量を実現することができました。SG2000は実習やワークショップによる技術研修と意識向上を通じ、信頼を勝ち得てきました。

SG2000は、年間100トン近い高品質種子を生産していた小麦の種子生産プログラムを継続することとしました。

1996年までは、ナイジェリアの政治経済危機により、プロジェクト実施を北部3州に限らざるを得ませんでした。そのため参加農民数も他のSG2000実施国より少なくなっていましたが、1996年にナイジェリア農業調整局（FACU）がSG2000手法の効果を認め、SG2000未実施州における農業開発プログラム指導者向けの視察旅行を多数実施しました。またSG2000は、これら未実施州の普及員に対する研修も実施しました。

ナイジェリア農業省は、過去4年間におけるSG2000プログラムの成果を認め、他の33州に対してSG2000が実証してきたMTP手法を導入することを指示しました。1996年にSG2000が作ったMTPは3,900ヶ所におよび、前年度の実に3倍となっています。1997年には5,000ヶ所以上が予定されました。

1992〜1998年には、カノ、カドナ、ジガワ、カチナの北部4州において、11,000人以上の農民がプログラムに参加し、小麦MTPやトウモロコシMTPで栽培に取り組みました。1998年には、SG2000はゴンベ州およびバウチ州にも広がりました。

1998年、SG2000はプログラム終了を検討しましたが、1999年にはオバサンジョ氏が牢獄から解放され、その後大統領に選出されるという形で政治情勢が好転したため、SAAは新しい小規模農家強化戦略およびプログラムを支援するために、いくつかのプログラム活動を2002年まで継続することを決定しました。これ以降、SG2000のナイジェリア・プログラムはナイジェリアのプロジェクト・コーディネーター、A・M・ファラキ博士が指導し、ナイジェリアの前カントリー・ディレクターであり、その後マラウィに転任したホセ・バレンシア博士が補佐することになりました。

プロジェクトは6州で実施され、雨期には栽培研修圃場（MTP）が5,000近く作られました。このうち3,216ヶ所ではハイブリッド・トウモロコシを栽培しました。1999年5月12日、ナイジェリア全国トウモロコシ組合は、SG2000によるナイジェリア農業への貢献を認め、バレンシア博士に対し功労賞を授与しました。

また、綿、キビ、ササゲ豆、ソルガムなど他の作物についても数百ヶ所のMTPが作られました。ササゲ豆のMTPは、国際熱帯農業研究所（IITA）と共同で行なったササゲ豆種子栽培プログラムの成果により実現することができました。また、同じくIITAと共同で大豆普及プログラムが開始され、主に寄生雑草ストライガの被害が出ている地域で活動を行ないました。その他、生産量が高く、病気に強いIITAのキャッサバ品種を導入する雨期MTPプログラムも実施されました。

SG2000の活動はその後、ケビ、ソコト、ザムファラを加えた9つの州に拡大し、他の機関との提携も増え続けました。提携機関との共同活動には、ノバルティス社と共同で行なったキビのべと病を抑制するための種子への殺菌剤塗布の普及活動（エプロンスター）、ダン・ハイドロ肥料会社と共同で行なった綿およびササゲ豆の肥料実証活動、プレミア種子社と共同で行なった新種ハイブリッド・トウモロコシの実証活動などがあります。SG2000はまた、各州の農業局と共同で種苗販売の普及活動、チャド湖研究機関（LCRI）と共同で新種小麦の実証活動、ナイジェリア貯蔵作物研究機関（NSPRI）と共同で普及員および農民への収穫後研修などを実施しました。

SG2000は、その農産技術移転手法をナイジェリア36州全てに普及するよう多くの要請を受け、2001年にはすでに実施していた9州に加え、ボルノ、クロスリバー、ナサラワ、オグンの各州で研修を実施しました。

SAFEとアフマドゥ・ベロ大学が覚書に署名したことにより、2002年10月と11月に、中堅普及員を対象とした普及学位取得プログラムが開始されることになりました。アフマドゥ・ベロ大学側が宿泊施設、教室その他の施設を提供し、SAFE側がプログラムの効果的な実施に必要な設備、教科書、論文などを準備しました。

新たなプログラム活動には、農業開発プログラム（ADP）と共同で行なう6つの州における中等学校へのMTP設立援助が含まれています。これらのMTPは学生と地元農民のための6つの作物の実証圃場となり、地域における改良技術の普及を促進します。

SG2000のプロジェクト・コーディネーター、アフメド・ファラキ博士は、「外部の評価により、プロジェクトへの関心が再度高まったようです。私たちの活動の強化・拡大への支援は増大しており、継続のための基盤もできつつあります」と話しています。
その代表的な例として、バウチ州では約1万人の現地普及員と農民が研修を受け、2003年度の種苗購入のための融資パッケージが提供されています。バウチ州知事は、州内農家のMTPを監督するため、車両3台とオートバイ801台を提供しました。また、最高の不耕起農法農民およびMTP農家には現金と肥料を提供し、農場監督に優れた普及員3名にバイクを提供しました。州知事はさらに、2004年の雨期には2万ヶ所のMTPに資金援助を予定しています。

ナイジェリアは2006年以降のSG2000プログラム継続実施国4ヶ国の1つに選ばれています。